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免疫共沉淀(Co-IP蛋白與蛋白)

免疫共沉淀(Co-Immunoprecipitation)是以抗體和抗原之間的專一性作用為基礎(chǔ)的用于研究蛋白質(zhì)相互作用的經(jīng)典方法。是確定兩種蛋白質(zhì)在完整細(xì)胞內(nèi)生理性相互作用的有效方法。當(dāng)細(xì)胞在非變性條件下被裂解時，完整細(xì)胞內(nèi)存在的許多蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)間的相互作用被保留了下來。當(dāng)用預(yù)先固化在agarose，beads.上的蛋白質(zhì)A的抗體免疫沉淀A蛋白,那么與A蛋白在體內(nèi)結(jié)合的蛋白質(zhì)B也能一起沉淀下來。再通過蛋白變性分離，對B蛋白進(jìn)行檢測，進(jìn)而證明兩者間的相互作用。這種方法得到的目的蛋白是在細(xì)胞內(nèi)與興趣蛋白天然結(jié)合的，符合體內(nèi)實際情況，得到的結(jié)果可信度高。這種方法常用于測定兩種目標(biāo)蛋白質(zhì)是否在體內(nèi)結(jié)合;也可用于確定一種特定蛋白質(zhì)的新的作用搭檔。

CHIP實驗(DNA-蛋白相互作用)

染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)的原理是:在生理狀態(tài)下把細(xì)胞內(nèi)的DNA與蛋白質(zhì)交聯(lián)在一起,通過超聲或酶處理將染色質(zhì)切為小片段后,利用抗原抗體的特異性識別反應(yīng)，將與目的蛋白相結(jié)合的DNA片段沉淀下來。染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)一般包括細(xì)胞固定，染色質(zhì)斷裂，染色質(zhì)免疫沉淀，交聯(lián)反應(yīng)的逆轉(zhuǎn)，DNA 的純化，以及DNA的鑒定。因為ChIP實驗涉及的步驟多，結(jié)果的重復(fù)性較低，所以對ChIP實驗過程的每一步都應(yīng)設(shè)計相應(yīng)的對照，而且對結(jié)果的分析也需要有一定的經(jīng)驗。對于剛剛開始使用ChIP技術(shù)的研究人員來說，使用成熟的商品化試劑盒和相關(guān)的技術(shù)服務(wù)會達(dá)到事半功倍的效果。

RIP實驗基本原理:

1.用抗體或表位標(biāo)記物捕獲細(xì)胞核內(nèi)或細(xì)胞質(zhì)中內(nèi)源性的RNA結(jié)合蛋白。

2.防止非特異性的RNA的結(jié)合。

3.免疫沉淀把RNA結(jié)合蛋白及其結(jié)合的RNA-起分離出來。

4.結(jié)合的RNA序列通過mi scroarrax(RIP-Chip),定量RT-PCR或高通量測序(RIP-Seq)方法來鑒定。

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